Die Verpflichtungen, die den Schutz der Natura 2000-Gebiete betreffen sind in den §§ 31 bis 36 des Bundesnaturschutzgesetzes in deutsches Recht umgesetzt (→ BNatSchG). Regelungen des Thüringer Naturschutzgesetzes (insbes. § 16 ThürNatG) ergänzen die Vorgaben des Bundesnaturschutzgesetzes, z. B. bei Zuständigkeits- und Verfahrensregelungen.
- Ein „Grundschutz“ verbietet grundsätzlich alle Veränderungen und Störungen, die zu einer erheblichen Beeinträchtigung eines Natura 2000-Gebietes in seinen für die Erhaltungsziele oder den Schutzzweck maßgeblichen Bestandteilen führen können (→ § 33 BNatSchG)
- Projekte, gleich welcher Art, müssen vor ihrer Zulassung oder Durchführung daraufhin überprüft werden, ob sie mit den Erhaltungszielen eines Natura 2000-Gebiets verträglich sind, wenn sie einzeln oder im Zusammenwirken mit anderen Projekten oder Plänen geeignet sind, das Gebiet erheblich zu beeinträchtigen und nicht unmittelbar der Verwaltung des Gebietes dienen (→ § 34 BNatSchG; siehe Unterseite Erhaltungsziele und Verträglichkeit)
Voraussetzungen für Ausnahmen sind in den angegebenen Paragrafen aufgeführt.
Auf die grundsätzlich erforderliche Ausweisung der Gebiete als Schutzgebiete nach nationalem Naturschutzrecht, z. B. als Naturschutzgebiet nach BNatSchG (s. o.: „Verpflichtungen in den Natura 2000-Gebieten“) kann dann verzichtet werden, wenn ein gleichartiger Schutz des jeweiligen Gebietes in vollem Umfang auch
- nach anderen Rechtsvorschriften, einschließlich des Bundesnaturschutzgesetzes und gebietsbezogenen Bestimmungen des Landesrechts (z. B. durch eine Unterschutzstellung nach Waldrecht als Naturwaldreservat oder als Naturwaldparzelle),
- nach Verwaltungsvorschriften,
- durch vertragliche Vereinbarungen (z. B. zwischen einem Nutzer und dem Land Thüringen), oder
- durch Verfügungsbefugnis eines öffentlichen oder gemeinnützigen Trägers (z.B. über eine Fläche oder ein Gebiet)
gegeben ist (vgl. BNatSchG § 32 Abs. 4). Im Freistaat Thüringen wird einzelfallabhängig über die anzuwendenden Sicherungsmaßnahmen in den NATURA 2000-Gebieten entschieden. Dabei wird eine vorrangige Sicherung der Gebiete durch vertragliche Regelungen angestrebt. Um einen optimalen Schutz herzustellen, ist eine Kombination der verschiedenen genannten Schutzformen bzw. –maßnahmen möglich. Den Schutz gegenüber der Allgemeinheit sichert, soweit nicht bereits durch Schutzgebietsausweisung geschehen, § 33 BNatSchG i. V. m. der Thüringer Natura 2000-Erhaltungszeile-Verordnung (ThürNat2000ErhZVO) ab. Alle Thüringer FFH-Gebiete sind somit rechtlich als besondere Schutzgebiete (SAC) gesichert.